用PAUP软件怎么建树(PAUP软件建树的具体方法)

PAUP是一款基于最大似然方法的系统发育分析软件，它是分子生物学、系统发育学等领域的专业工具。本文将介绍如何使用PAUP软件建立树，让大家对这款软件更加了解。

1.PAUP软件的安装

首先，我们需要下载并安装PAUP软件，可以在其官方网站下载。下载完成后，按照提示进行安装，将软件安装到指定的位置。

2.PAUP软件的使用

打开PAUP软件，可以看到软件的主界面。点击“File”->“NewNEXUSfile”新建一个文件。在文件中写入分子序列的相关信息。

等到写完分子序列信息后，通过菜单栏进入“Analysis”界面，选择“NewAnalysis”，配置文件中的分析类型(MP、ML、BI)。

对设置的参数进行检查后，点击“Run”即可开始分析。PAUP会计算数据得到初始树。

这时，你可以在菜单栏选择“Trees”->“ScoreBootstrap”，选择“RapidBootstrap”或“FullBootstrap”，运行之后即可得到Bootstrap支持率。

最后，你可以通过“Trees”->“Consensus”界面，选择不同的共识方法获得建立的树模型。

3.PAUP软件的优缺点

PAUP软件的使用比较简单，是一款功能强大的系统进化分析软件。尽管这里面有的一些功能比较冷门，不过对于专业人士来说能够很好地满足其对系统进化研究的需要。

但与此同时，由于PAUP是一个商业软件，使用方法相对其他开源软件难度较高，而且需要花费相应的经费来购买，这些都是其缺点所在。

4.PAUP软件与其他软件对比

相比其他的系统进化分析软件如PhyML、MrBayes、PAML等，PAUP拥有着更加完善的功能，能够灵活控制分析过程。同时PAUP的计算速率较快，分析结果比较准确。

5.PAUP软件在实际应用中的例子

PAUP软件在实际的应用中可以用来分析分子进化、构建物种关系等方面，如对荔枝科植物全基因组进行了分析。通过PAUP软件构建了荔枝科6个属44个种18个个体的叶绿体基因组片段系统发育树，为植物分类研究、生态学和保育生物学等学科研究提供了重要的参考数据。

6.使用PAUP软件时应注意的问题

在使用PAUP软件时，需要注意解读分析结果，熟练掌握软件的操作方法，避免得到不准确的分析结果。同时，为了让分析结果更加可靠，需要进行多次独立的分析，以获得更多的支持数据。

总之，PAUP是一款功能强大的系统进化分析软件，可以用于分子进化研究，有着广泛的应用前景。熟练掌握其使用方法，并注意分析结果的解读，可以让我们更深入地了解物种进化历程，推动生命科学研究的进步。